Di bahagian kedua permainan Serangan Alien Mutants 2 anda di pasukan khas akan berjuang untuk salah satu bandar utama yang terletak di Amerika. Perang raksasa mutan itu mampu menangkap bandar dan kini memburu orang di sana. Detasmen anda menerima perintah untuk membersihkan jalan-jalan di bandar dari raksasa. Setelah mendarat dari helikopter wira anda dan skuadnya akan mula bergerak ke bandar. Bergerak garis pendek anda perlu mengesan semua yang berlaku di sekitar dan mencari musuh. Sebaik sahaja anda melihatnya, mulakan tembakan dari senjata anda dan bunuh mereka. Cuba untuk mengumpul peluru dan kit pertolongan cemas. Mereka akan membantu anda bertahan dalam peperangan.