Terdapat sejumlah besar orang, antaranya ahli sains terkenal yang percaya bahawa makhluk asing telah lama datang ke bumi, hidup di kalangan earthlings dan mempengaruhi kehidupan mereka. Dalam permainan Clowns Vs Aliens anda boleh mengelakkan senario seperti menangkap planet ini dan membantu anda badut, yang dipimpin oleh Kapten Paisi. Dia memasang senjata asal untuk menghancurkan orang asing dan menjemput anda menggunakannya untuk pertahanan. Senjata ini terletak di panel menegak kiri. Untuk bermula, hanya belon hitam yang tersedia untuk anda. Mereka akan mudah menangani gelombang pertama serangan. Seterusnya kita memerlukan senjata api. Akses kepada mereka akan terbuka apabila skala di atas bola penuh.