Di Jepun purba, terdapat Perintah Ninja Warriors yang berperang dengan pelbagai musuh negara dan raksasa. Hari ini kita berada di Ninja Defender permainan kita akan membantu satu perang untuk memasuki kuil dan memenuhi tugas ketua perintahnya. Wira kami yang mengembara ke kuil akan menembusi dewannya. Dia akan diserang oleh pelbagai raksasa. Watak kita akan menggunakan senjata seperti bumerang. Mengoyakkannya ke musuh, kita akan memukulnya, dan kemudian objek itu akan terbang kembali. Kita perlu memindahkan watak itu sehingga dia menolaknya dan dengan itu membuat lemparan itu lagi. Jika kita tidak mempunyai masa untuk melakukan ini, kita akan kehilangan senjata dan kehilangan pusingan.