Sebaik sahaja pintu neraka telah berjaya dikunci, tetapi roh jahat tidak meninggalkan harapan untuk membebaskan mereka semula dan mereka berjaya selepas bertahun-tahun. Kali ini mereka membuka sebuah portal di Marikh dengan harapan agar manusia tidak dapat segera mencarinya. Tetapi Mars telah dijajah, banyak makmal biologi telah menetap di atasnya, dan ramai saintis telah bekerja, semuanya telah ditakluk kepada serangan raksasa yang kejam. Pasukan penyapu anda mesti memusnahkan raksasa di Doom 3, dan anda tidak perlu mengambil pengalaman. Pergi ke planet merah dan berhati-hati, raksasa telah menjadi lebih bijak dan lebih kuat.