Menjalankan eksperimen keupayaan objek untuk mengurangkan saiz, saintis jatuh ke dalam alam semesta mikro. Seperti yang ternyata, ia didiami oleh makhluk-makhluk kecil yang agresif yang menyerang watak-watak kita. Kini anda dalam permainan Codename Space Babes akan perlu membantu pahlawan anda berjuang untuk kehidupan mereka. Mereka akan diserang di pelbagai pesawat. Anda mengawal kapal anda perlu membuat manuver dan membawanya keluar dari serangan. Menggunakan senjata anda, anda akan menembak dan menembak jatuh kapal musuh.