Pada masa depan yang jauh, saintis telah belajar untuk mengurangkan objek dengan saiz mikroskopik. Hari ini dalam permainan Spore Hunter, mereka memutuskan untuk menghantar juruterbang pesawat khas untuk meneroka dunia mikro. Wira anda perlu terbang di sepanjang laluan tertentu dan meneroka dunia ini. Makhluk yang terdiri daripada spora akan menyerang wira kami. Nombor yang dimasukkan akan kelihatan di dalamnya. Mereka bermaksud berapa banyak hits yang anda perlu buat kepada makhluk untuk memusnahkannya. Anda bijak menggerakkan kapal anda akan menembak dari senjata anda dan memusnahkan spora.