Jepun Purba, terdapat kuil khas di mana mereka menyediakan peperangan seperti ninja. Anda dalam permainan Ninja Runs 3d pergi ke salah seorang daripada mereka dan membantu seorang ninja melalui pelbagai jenis latihan. Hari ini pahlawan anda akan perlu mengikuti kursus halangan yang dibina bersama-sama dengan ninja lain dan sampai ke garisan penamat dahulu. Anda akan menguruskan tindakannya. Anda perlu melompat ke atas banyak halangan, memanjat pelbagai rintangan dan melakukan lebih banyak tindakan yang akan membantu ninja memenangi pertandingan.