Dalam permainan Ninja Running yang baru, anda akan pergi ke Jepun Purba untuk membantu pahlawan ninja yang berani menyampaikan pesan kepada maharaja dari tuan perintahnya. Watak anda akan berjalan secepat yang dia boleh pada laluan tertentu. Dalam perjalanan berikut watak anda akan menemui pelbagai halangan dan perangkap. Anda akan perlu menggunakan kekunci kawalan anda untuk membuat lompat wira anda dan terbang melalui semua bahaya ini. Jika dia menyerang musuh, dia akan dapat memusnahkan mereka dengan bantuan senjata lontarannya.