Di galaksi yang jauh, perang berlaku di antara dua bangsa alien. Anda dalam permainan Clash Of Aliens menyertai salah seorang daripada mereka dan akan memerintahkan tentera. Armada anda akan memasuki pertempuran melawan skuadron kapal musuh. Anda akan melihat kapal utama anda di hadapan anda di skrin. Di bawahnya akan menjadi panel kawalan. Dengan itu, anda akan menghantar juruterbang anda ke pertempuran di kapal mereka. Mereka menyerang musuh akan memusnahkan mereka dan untuk ini mereka akan memberi anda mata.