Batman, seperti orang luar biasa dan berpengaruh, mempunyai banyak musuh, terdapat hampir dua lusin dari mereka, dan di antaranya adalah keperibadian yang terkenal dan terang seperti Penguin, Black Mask, Harley Quinn, Scarecrow, Deadshot, Two-Face, Mad Hatter dan sudah tentu Joker. Dialah yang memikat pahlawan itu ke lautan dan mengurungnya di labirin kaca. Dalam Batman Sea Adventure anda adalah orang biasa, bantu pahlawan super bebas dari penangkapan yang berbahaya. Untuk melakukan ini, penyelam selam Batman mesti mendapatkan air tambahan, dan jika dia diancam oleh monster, hancurkan dia dengan lava panas di Batman Sea Adventure.