Lanun mendapat semua orang malah ninja hilang kesabaran dan memutuskan untuk menghukum perompak laut yang sombong. Skuad ninja membuat serangan hendap di salah satu pulau tempat lanun secara berkala mencari untuk menyembunyikan harta karun mereka yang dicuri. Dalam permainan Angry Ninja anda akan membantu ninja untuk memusnahkan lanun. Penjahat akan cuba membina kubu dan bersembunyi di belakangnya, tetapi tembakan tepat anda akan menyapu segala-galanya di laluan mereka. Permainan Angry Ninja dibuat dalam gaya Angry Birds, tetapi bukannya mereka dan babi, watak yang sama sekali berbeza. Ninjas sendiri akan menjadi projektil, dan anda akan melancarkannya kepada lanun yang bersembunyi di sebalik pelbagai jenis rasuk dalam Angry Ninja.