Tiada siapa yang mempertikaikan pencapaian Teenage Mutant Ninja Turtles dan Power Rangers, namun, mereka tidak boleh bersetuju sesama mereka dan setiap kumpulan mendakwa mereka lebih hebat. Untuk mengetahui siapa yang terbaik, wira memutuskan untuk mengatur pergaduhan sesama mereka dan mereka akan bermula sebaik sahaja anda memasuki permainan Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Anda memilih pejuang yang akan menjadi yang pertama memasuki arena. Selepas beberapa siri pertempuran, hanya seorang pemenang harus kekal. Tiada siapa yang mewajibkan anda untuk mendapatkan seseorang, anda memilih wira untuk diri sendiri dan akan mempromosikannya, membantu mengalahkan semua pesaing dalam Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.