Puteri Peach telah diculik lagi, Bowser tidak boleh bertenang, dan sudah tiba masanya untuk bersara, tetapi masih ada, berikan dia kecantikan. Mario perlu pergi ke jalan raya, dan dia juga bukan kesegaran pertama. Buat pertama kalinya, tukang paip itu meragui kebolehannya dan memutuskan untuk menjemput Sonic untuk membantu, mengetahui bagaimana dia boleh berlari pantas dan melompat tinggi. Sementara itu, semasa Sonic tiba, anda boleh mengawal Mario dan membantunya mengumpul syiling dan melompat ke atas pengikut Bowser. Kemudian anda boleh bertukar kepada Sonic, tetapi dia perlu mengumpul cincin, tetapi kedua-dua wira mempunyai matlamat yang sama - untuk menyelamatkan puteri dalam Super Mario dan Sonic.