Anda akan merasai kuasa dan kekuatan ninja purba dalam permainan Ninja Clash Heroes 3D. Wira anda masih di peringkat awal dan segala-galanya di hadapannya, tetapi anda perlu berjuang untuk pencapaian anda. Bersama-sama dengan seluruh askar, keluar ke ruang operasi. Permainan ini menampilkan lokasi berwarna-warni seni bina tradisional Jepun dengan pagoda dan bunga sakura. Sayang sekali anda tidak akan mempunyai masa untuk mengagumi keindahan, anda mesti memastikan bahawa anda tidak terlepas pahlawan dalam warna merah. Ini adalah musuh anda yang perlu anda musnahkan. Kumpul pelbagai bonus termasuk peti pertolongan cemas untuk menyembuhkan luka dan memulihkan kesihatan dalam Ninja Clash Heroes 3D.