Pixel Mario berhasrat untuk membersihkan Kerajaan Cendawan daripada penguasaan anak buah Bowser musuh utamanya dalam Mario Combat. Tukang paip telah bersedia untuk masa yang lama, mempelajari pelbagai jenis seni mempertahankan diri, dan kini sudah tiba masanya untuk menerapkannya. Dengan bantuan anda, Mario akan bergerak dengan melompat pada platform. Apabila bertemu musuh lain, anda perlu memusnahkannya menggunakan penumbuk atau tendangan. Simpan tenaga anda, kerana ada pertemuan di hadapan dengan musuh utama - Bowser, dan dia agak kuat. Gunakan kekunci anak panah untuk bergerak dan kekunci A untuk menyerang dalam Mario Combat.