Dalam Ninja Dragon permainan, anda akan mendapati diri anda di Jepun purba. Semasa zaman ini, banyak penguasa menggunakan mata-mata terkenal dunia seperti ninjas. Anda dalam permainan ini akan menjadi salah seorang daripada mereka. Anda perlu masuk ke istana salah seorang bangsawan dan mencuri artifak kuno. Untuk melakukan ini, anda perlu memanjat dinding-dinding batu ke bangunan yang berdiri di tebing. Selain perangkap mekanikal yang biasa, makhluk-makhluk ajaib yang menjaga kastil akan berada dalam perjalanan anda. Anda akan perlu melompat dari dinding ke dinding untuk mengelakkan jatuh ke dalam perangkap, serta memusnahkan raksasa dengan pedang anda.