Ben 10 tidak asing dengan kedatangan kumpulan alien lain yang ingin memfitnah bumi. Tetapi kali ini di Ben 10 Omnitrix Shadow, perkara-perkara yang mendapat lebih serius. Orang asing dipimpin oleh Knight dalam perisai hitam, dia melancarkan aliran tenaga ke Ben, menjangkiti lelaki itu dengan tenaga gelap. Kemudian penceroboh itu cepat pergi. Virus gelap telah menetap di wira, yang dari masa ke masa akan mengubahnya menjadi raksasa jahat, seperti semua orang yang berada dalam omnitrix. Untuk membetulkan keadaan dan menyingkirkan virus, anda perlu mencari tiga penjahat dan memusnahkannya. Bantu watak menjadi dirinya lagi dan mencegah transformasi.