Pada bahagian kedua permainan Virus Ninja 2, anda akan membantu seorang pahlawan ninja yang berani melawan pelbagai virus. Sebelum anda di layar akan ada padang permainan di mana pelbagai bakteria akan muncul. Mereka akan bergerak ke arah yang berbeza dan dengan kelajuan yang berbeza. Untuk memusnahkan mereka, anda perlu menggunakan pedang. Perhatikan skrin dengan teliti dan pandu objek dengan tetikus. Oleh itu, anda akan menyerang bakteria dan memotongnya menjadi kepingan. Kadang-kadang bom boleh muncul di antara objek ini. Anda tidak boleh mengayunkan mereka.