Tukang paip yang ceria dan berani Super Mario hari ini memutuskan untuk menolong raja dan menyelamatkan puteri yang diculik oleh penyihir gelap. Anda di Super Mario Advance harus membantunya dalam hal ini. Watak anda akan terlihat di layar di depan anda, yang akan berada di lokasi tertentu. Dengan menggunakan kunci kawalan, anda akan membuatnya berlari ke depan dan mengumpulkan pelbagai objek dan syiling emas yang tersebar di seluruh tempat. Dalam perjalanan anda, anda akan menemui lubang di tanah dan pelbagai jenis perangkap yang harus dilalui oleh Mario, di bawah bimbingan anda. Anda juga akan menemui pelbagai raksasa. Wira anda boleh membunuh mereka jika dia melompat ke kepala mereka. Untuk membunuh setiap raksasa, anda akan diberi mata.