Ksatria berani Thomas hari ini pergi ke daerah terpencil kerajaan untuk membersihkan pelbagai jenis penjara bawah tanah dari raksasa. Anda dalam permainan Hexa Dungeon akan membantunya dalam pengembaraan ini. Ruang bawah tanah akan muncul di skrin di hadapan anda di mana pahlawan anda dan lawannya akan berada. Di bahagian bawah padang permainan, ikon dengan pelbagai warna akan berada. Setiap ikon bertanggungjawab untuk tindakan khusus ksatria. Sebagai contoh, jika anda ingin melakukan serangan kuat terhadap musuh, maka cari ikon warna yang sesuai yang berdiri di sebelahnya. Dengan menghubungkan mereka dengan garis, anda akan memaksa pahlawan anda untuk menyerang dan membahayakan musuh.