Seorang budak lelaki Kyoto menyertai urutan rahsia para pahlawan ninja. Dia dihantar ke gunung di kuil khas, di mana Akademi berada, di mana semua perang permulaan dilatih. Hari ini wira kita menjalani sesi latihan dan anda akan membantunya untuk membawanya dalam permainan Ninja Academy. Di depan anda di layar anda akan melihat watak anda, yang sedang berdiri di halaman kuil. Panel khas dengan kunci kawalan akan berada di bawahnya. Dengan pertolongannya, anda akan mengarahkan tindakan pahlawan anda. Objek akan muncul di hadapannya dari pelbagai sisi. Anda yang memimpin pahlawan harus membuat pukulan tepat kepada mereka dengan bantuan tangan atau kaki. Setiap hit anda yang tepat akan memberi anda sejumlah mata. Setelah berlatih, anda akan terus menggunakan pelbagai teknik.