Makhluk bernama Pixelmon tinggal di dunia Minecraft. Entah bagaimana wira kita pergi ke kawasan terpencil di negara ini untuk menetap di sini dan membina sebuah bandar kecil. Anda dalam permainan Pixelmon Craft akan membantunya dalam hal ini. Di depan anda di layar anda akan melihat watak anda, yang berada di lokasi tertentu. Di sebelahnya, peta kecil akan terlihat dengan ikon yang menunjukkan lokasi pelbagai sumber. Wira anda mesti mengunjungi semua tempat ini dan mendapatkan sumber-sumber ini. Kemudian, dengan menggunakan panel kawalan khas, anda akan memulakan pembinaan pelbagai bangunan untuk keperluan pahlawan kita. Anda juga boleh membuat alat dan senjata baru.