Ben 10 harus mencuba profesion pembunuh, yang tidak biasa baginya. Lawannya adalah makhluk asing dan kehancurannya adalah sesuatu yang semula jadi, sama sekali berbeza untuk membunuh orang, dan inilah yang harus dilakukan pahlawan dalam permainan Ben 10 Assassin. Anda harus menolong lelaki itu untuk menyelesaikan tugasnya. Dia harus masuk ke salah satu bangunan di mana makmal rahsia itu berada. Sampel DNA dari salah seorang makhluk asing sampai di sana. Perlu mencurinya agar orang tidak dapat mengetahui siapa dia dan dari mana asalnya. Makmal dijaga oleh militan terlatih yang perlu disingkirkan. Sekiranya pahlawan melihat salah satu daripada mereka, dia akan menembak, jadi anda perlu mendekati dan meneutralkan musuh dari belakang di Ben 10 Assassin.