Dalam bahagian kedua permainan Ninja Hands 2, anda akan terus membantu perang ninja anda melawan pelbagai lawan yang ingin membunuhnya. Pejuang anda akan kelihatan pada skrin di hadapan anda, yang akan berada di lokasi tertentu. Musuh akan berada jauh darinya. Di sudut kanan bawah akan terdapat panel khas dengan ikon. Dengan mengklik padanya, anda boleh memaksa wira untuk melakukan tindakan tertentu. Anda perlu menyerang lawan anda dan menggunakan kemahiran pertempuran anda untuk memusnahkan musuh. Untuk ini, anda akan diberikan mata dalam permainan Ninja Hands 2.