Berhampiran sebuah perkampungan kecil yang terletak di Jepun, mayat hidup muncul. Mereka berkeliaran di sekitar penempatan pada waktu malam dan memangsa orang. Pahlawan ninja yang berani Kyoto menerima arahan daripada maharaja untuk memusnahkan zombi. Anda dalam permainan Ninja Versus Zombie akan membantu ninja dalam hal ini. Sebelum anda pada skrin akan ada kawasan di mana watak anda akan ditempatkan. Dengan kekunci kawalan anda akan mengarahkan tindakan ninja. Dia perlu berlari ke hadapan merentasi rupa bumi dan berhati-hati melihat sekeliling. Sepanjang perjalanan, dia akan dapat mengumpul syiling emas dan barangan lain yang bertaburan di seluruh lokasi. Sebaik sahaja anda bertemu zombie, serang ia. Menggunakan pelbagai senjata daripada senjata ninja, anda akan memusnahkan zombi dalam permainan Ninja Versus Zombie dan mendapatkan mata untuknya.